根据中共中央2004年转发《中央司法体制改革领导小组关于司法体制和工作机制改革的初步意见》和2009年4月国家林业局、最高人民法院、最高人民检察院《关于印发<林业审判、检察体制改革实施意见>的通知》“将林业审判、检察机构从原所属企业或部门分离后，统一纳入国家司法管理体系”的总体要求和部署，江源林区基层法院于2012年6月开始筹备组建工作。

 2014年8月，经吉林省机构编制委员会、吉林省人大常委会、中央机构编制委员会和最高人民法院批复备案，撤销三岔子林区基层法院、湾沟林区基层法院，设立江源林区基层法院，直接隶属于吉林省长春林区中级法院。内设政治处、执行局、监察室、立案庭、刑事审判庭、民事审判庭、行政审判庭（赔偿委员会办公室）、审判监督庭、办公室、司法警察大队、湾沟法庭等11个机构。

 2019年4月12日，吉林省高级人民法院吉高法〔2019〕36号关于印发《全省各基层人民法院内设机构改革方案》的通知中规定，江源林区基层法院内设政治部（督察室）、执行局、立案庭（诉讼服务中心）、综合审判庭和综合办公室5个机构，按党章规定设置机关党委；一个派出法庭即湾沟人民法庭；另设司法警察大队，为江源林区基层法院直属机构。院址位于白山市江源区爱民路229号。